L'un des sites les plus importants du lieu de baptême est la colline d'Élie, l'endroit d’où Élie est monté au ciel au IXe siècle avant J.-C. La Bible affirme qu'Élie reviendrait avant la venue de Jésus. Aussi, lorsque Jean-Baptiste a commencé à baptiser les gens à cet endroit, cela a provoqué un grand émoi dans les villages environnants. Les villageois sont venus lui demander s'il était leur messie. Il répondit : « Je suis une voix qui crie dans le désert, pour préparer le chemin du Seigneur ».

Sur le côté ouest de la colline d'Élie, il y a une grotte où Jean a vécu et où Jésus avait l’habitude de lui rendre visite. Ce lieu est considéré comme très saint et c'est pourquoi une église a été érigée autour de la grotte au moment de la construction du monastère au Ve siècle. C'était le premier monastère à l'est du Jourdain, sur la route de pèlerinage des premiers chrétiens, entre Jérusalem et Bethléem à l'ouest et le mont Nébo à l'est. Visuellement, le site ressemble beaucoup à ce qu'il aurait été à l'époque de Jésus et de Jean. La Bible décrit les roseaux que l'on peut voir aujourd'hui tout au long de l'année. Les petits buissons rugueux sont l'habitat naturel des abeilles, ce qui nous rappelle ce que Jean-Baptiste avait l'habitude de manger, du miel sauvage et des sauterelles.

Wadi al-Kharrar est le nom moderne du site de « Saphsaphas », qui figure sur la carte en mosaïque du VIe siècle de la Terre sainte à Madaba. Le site se trouve à l'est du Jourdain, juste à l'ouest du village d'Al-Kafrayn et à proximité de la célèbre ville de Jéricho, à l'ouest du fleuve.

Au début du Wadi al-Kharrar, près du complexe monastique, ou « Laura », les pèlerins chrétiens se voient traditionnellement montrer une colline (connue sous le nom de Jabel Mar Elias, ou Tall Mar Elias, en arabe) d'où le prophète Élie est monté au ciel. Ici, on peut voir un sanctuaire qui attirait les pèlerins jusqu'à l'époque médiévale.

L'abbé Daniel, pèlerin russe, a été impressionné par l'endroit et a écrit en 1106 : « Non loin de la rivière, à une distance de deux jets de flèche, se trouve l'endroit d'où le prophète Élie a été emmené au ciel dans un char de feu. Il y a aussi la grotte de Saint Jean-Baptiste. Un beau ruisseau rapide et adondant (pluie torrentielle), débordant d'eau, coule sur les pierres en direction de la grotte. L'eau est très froide et a un très bon goût ; c'est l'eau que Jean buvait lorsqu'il vivait dans la grotte sacrée ».

Le souvenir du lieu n'a pas non plus été perdu par l'écrivain Théodose, qui écrivait vers 530 apr. J.-C. : « Là où mon Seigneur a été baptisé se trouve, sur l'autre versant de la « petite colline » appelée Hermon, l'endroit où saint Élie a été enlevé ».

De même, le martyr Antonin de Plaisance écrivait vers 570 : « Voici le lieu où Élie fut enlevé (au ciel). C'est à cet endroit que se trouve la « petite colline de l'Hermon » mentionnée dans le psaume. Au pied de la montagne, à sept heures du matin, un nuage se forme au-dessus du fleuve et arrive à Jérusalem au lever du soleil, au-dessus de la basilique de Sion, de la basilique du tombeau du Christ et de la basilique Sainte-Marie et Sainte-Sophie (autrefois le prétoire où la cause du Christ a été entendue). Au-dessus de ces lieux, la rosée descend en abondance et les malades la recueillent. Dans les hospices, tous les plats sont cuits dans cette rosée, et dans les lieux où elle tombe, de nombreuses maladies sont guéries. Car c'est de cette rosée que parle le psalmiste : « C'est comme si la rosée de l'Hermon tombait sur le mont Sion » (Psaume 133.3) ».