La longue histoire d'Aqaba remonte aux temps pré-bibliques, à l'époque où la ville s'appelait Ayla. D'après l'Ancien Testament, le Roi Salomon fit édifier une base navale à Ezion Geber, à 3 km seulement de l'emplacement actuel d'Aqaba.

A partir de l'an 106, les Romains qui régnaient sur la région depuis leur base en Syrie, utilisaient également Ayla comme port de commerce jusqu'à ce qu'elle tombe sous le contrôle de l'Empire byzantin au début du 4è siècle. Les Byzantins nommèrent des arabes chrétiens du sud de l'Arabie pour diriger la cité portuaire.

Le château de Saladin sur l'île Far'un.

Le Moyen-Age fut une période trouble pour Ayla. Au 12è siècle, les Croisés prirent la ville d'assaut et construisirent un fort sur l'île Far'un connue sous le nom d'île de Graye à 7 km des côtes. Ayla fut par la suite reprise par Saladin et le fort devint le château de Saladin. Lors d'une contre-attaque, le célèbre Croisé Renaud de Chatillon reprit l'île, mais la perdit de nouveau l'année suivante face aux forces musulmanes.

T.E. Lawrence.

Lorsque les sultans mamelouks d'Egypte prirent le contrôle de la région, ils rebaptisèrent la ville Aqaba et au 14è siècle, édifièrent le célèbre fort mamelouk de la ville. Aux Mamelouks succédèrent les Ottomans qui régnèrent sur Aqaba pendant quatre siècles.

Aqaba fut reprise aux Ottomans en 1917 par les forces Arabes assistées par T.E. Lawrence. A la fin de la première guerre mondiale, les britanniques cédèrent Aqaba à la Jordanie.

Le Musée archéologique d'Aqaba (Aqaba Archeological Museum)

Le Musée archéologique d'Aqaba est situé dans la maison d'Aqaba du Chérif Hussein Bin Ali, près du château d'Aqaba.

Le musée a été inauguré en 1990. Il abrite aujourd'hui une importante collection d'œuvres provenant du site islamique d'Ayla, datant des périodes islamiques Rashidun, omeyyade, abasside et fatimide, depuis le milieu du 7è siècle jusqu'au début du 12è siècle de notre ère.

Parmi les objets exposés se trouvent une inscription kufi d'« Ayat al-Kursi » du Saint Coran provenant de la porte est (Egypte) de la ville ainsi qu'un trésor composé de dinars fatimides en or frappés à Sajilmasa au Maroc.

Aqaba est aujourd'hui le seul port de Jordanie. Sa position stratégique sur la pointe est de la mer Rouge est déterminante pour les routes commerciales marines et terrestres entre la Syrie et la Péninsule arabique ; elle représente en outre un relais important sur la route du Hajj. Les vestiges découverts à Ayla proviennent de Hijaz, du Yémen, d'Irak, d'Egypte, du Maroc et même de Chine et illustrent ainsi la vitalité du port.